本申请公开了一种用于检测子模块控制器的电磁兼容性的方法及系统。其中，该方法包括：在柔性直流换流阀子模块控制器的电磁兼容性检测试验为发射试验的情况下，将所述柔性直流换流阀子模块控制器以及辅助设备调试至正常运行状态，对所述子模块控制器进行电磁兼容性检测；以及在所述柔性直流换流阀子模块控制器的电磁兼容性检测试验为抗扰度试验的情况下，确定柔性直流换流阀子模块控制器中的干扰信号的耦合路径，根据所述干扰信号的耦合路径，对所述子模块控制器进行电磁兼容性检测。