本发明公开了一种服务器的双闪存运行监测的系统，包括：复杂可编程逻辑器件、基板管理控制器、交换机芯片、CPU和若干闪存，CPU通过交换机芯片读取基本输入输出程序执行到状态标志位并将状态标志位发送至所述复杂可编程逻辑器件，复杂可编程逻辑器件接收到状态标志位后开始计时，并对下一个状态标志位进行比较，所述复杂可编程逻辑器件使能交换机芯片进行所述闪存的切换；基板管理控制器用于获取故障信息并存储，通过上述方式，本发明能够准确地捕捉到基本输入输出程序启动过程中的发生异常的具体位置并记录下来，尤其在CPU突然挂死且没有输出故障日志的时候，会给技术人员分析故障问题带来很大的便利。