本发明涉及一种多模荧光检测仪及其检测方法，所述多模荧光检测仪包括采样推进装置、连接于所述采样推进装置的气路组件、设置于所述气路组件的加热脱附装置以及连接于所述气路组件的多模荧光检测组件；所述采样推进装置用于自动推进采样纸；所述气路组件包括气道和气泵；所述多模荧光检测组件包括多个荧光传感器、滤光片以及感光件；在所述采样推进装置推进采样纸时，所述加热脱附装置加热采样纸而使得检测样品脱附，所述气泵提供吸力而使得脱附的检测样品经所述气道进入所述荧光传感器中，与所述荧光传感器接触而使得荧光信号产生变化，所述感光件通过所述滤光片感应特定波长处荧光信号的变化，从而实现对相应检测样品的检测。