本发明公布了一种水听器设备的超声波标记信号的时间基准偏差的测量方法，该方法首先对水听器设备进行位置稳定性评估，并对失控水听器的位置进行重新确定，在此基础上，最终完成了鱼类超声波标记信号水听器设备间的时间基准精确同步。该数据处理方法，是进一步开展鱼类超声波标记精密定位的实现基础。在水听器设备间的时间基准统一后，才能得到同一鱼类超声波信号于不同水听器设备处记录(信号接收时刻)的时间差，进而得到该信号标记与不同水听器设备间的距离差，以便最终通过距离交汇的方式得到待监测鱼的精密定位结果。