本发明提供了一种PCIE转USB协议的桥接芯片及其运行方法，所述桥接芯片包括：PCIE协议解析单元、USB接口判断单元、第二加解密电路、USB接口分配单元、映射关系存储单元、接口标识缓存单元、密钥产生单元、USB协议控制器和至少一个USB接口；所述映射关系存储单元用于存储数据读写地址与USB接口标识信息的映射关系。当数据在PCIE接口与USB接口之间传输时，由于数据是经过第二加解密电路加密后再传输至相应的USB接口的，且第二加解密电路所采用的密钥信息是由密钥产生单元根据读写地址对应的USB接口的标识信息实时生成的，从而有效提升了数据传输过程的安全性。