本发明公开了一种用于综合能源系统的多源协调控制方法及系统，属于智能电网技术领域。本发明方法，包括：确定运行状态处于功率不平衡状态；确定综合能源系统内储能单元的当前出力和出力裕度，且当前出力和出力裕度不能调节功率至平衡状态；获取功率缺额允许的正向和反向偏差；确定综合能源系统可投切负荷或电源的功率范围；根据可投切负荷或电源的功率范围，完成综合能源系统的多源协调控制。本发明解决了已有的切负荷方法存在一定过切、灵活性不足等问题，可有效降低系统过切量，提升负荷控制的经济性，同时避免了负荷或电源的频繁投切对系统稳定性的影响。