本发明提供一种玻璃跑偏控制系统，包括：翻转支架、固定支架、挡边轴、挡边架、行程气缸、感应器、控制器、信号线，挡边轴转动安装在翻转支架的顶端，至少一个挡边架固定在挡边轴上，挡边架朝向玻璃进来的方向设置有感应器，行程气缸的一端转动固定在挡边轴上，另一端通过转动副与固定支架固定，挡边轴在行程气缸的伸出与收回运动中能够转动，控制器分别通过信号线连接到感应器和行程气缸上。本发明还提供一种玻璃跑偏控制方法。本发明的优点在于：基于简单的机械结构设计及压力感应反馈，设计一种玻璃跑偏定位系统，结构简单，成本低，且不损坏玻璃。