本发明涉及一种满足多偏好约束的投资收益计算方法及系统，所述方法应用于包括数据预处理模块、收益率计算模块和收益率展示与对比模块的系统。所述计算方法包括：定义SEA组合分布，获取投资数据并进行预处理；通过正向扩展与反向划分的方式构建SEA投资组合网格结构与网格单元；计算各投资组合网格单元的资金加权因子、时间加权因子、双因子加权成本及收益；根据目标投资组合网格单元的组合形式，对目标投资组合包含的所有网格单元合并计算出双因子加权收益率；将双因子加权收益率和内外收益率进行对比。本发明所涉及的收益率计算方法及系统可同时满足用户对于资产收益率的四项约束需求：历史不变、平稳过渡、收益一致以及可对比性。