本发明公开了一种超深度脱硫脱氮加氢处理催化剂及其制备方法，以催化剂总重量为基准，第ⅥB族金属以氧化物计为20%~45%，第Ⅷ族金属以氧化物计为3%~10%，磷以氧化物计为3%~9%，分子筛为6%~18%，氧化铝为18%~68%；总酸量为0.3~0.6mmol/g，平均孔径为2~10nm。制备方法如下：（1）将拟薄水铝石前驱体浆液、分子筛和有机醇混合得到浆液A；（2）将硅烷偶联剂加入到浆液A中，调节pH值为7.5~11，得到浆液B；（3）浆液B进行老化，老化物料过滤脱除一定水分后，加入有机胺和硅烷偶联剂捏合成可塑体，经成型、干燥和焙烧后，得到复合载体；（4）将活性金属浸渍液浸渍于复合载体上，经干燥、焙烧，得到催化剂。本发明催化剂活性金属组分含量高，金属分散好，适用于柴油超深度脱硫、脱氮反应。