本发明公开了一种小麦育种的智能检测选种装置，包括箱体，箱体内设置有用于实粒种子和秕粒种子分离的分离隔离层，在箱体内在分离隔离层下端设置有用于实粒种子收纳的收集层，箱体外侧设置有浮料腔，浮料腔与分离隔离层导通连接，箱体上靠近分离隔离层设置有进水端，进水端向箱体内注水，秕粒种子浮在水面上随着箱体内水位的增加向浮料腔内溢流收集。本发明通过利用实粒种子和秕粒种子的浮力不同，实粒种子沉积在收集层内，通过收集层内设置的输送组件及时将种子输送至箱体外，秕粒种子以及其他杂质悬浮在箱体的水面上，随着箱体内水位的增加向浮料腔内流动，从而实现实粒种子和秕粒种子的分离工作，提高筛选种子的质量，提高种子的存活率。