本发明是移动式多无人机自动化智能出入库系统及出入库方法，该系统包括升降井框架和立体机库框架，升降井框架内设置有升降式捕捉放飞平台，升降式捕捉放飞平台上表面固定安装有出入库机械手系统，升降式捕捉放飞平台两侧均分别与升降系统传动连接；立体机库框架内由上至下依次固定安装有若干层无人机停机板，所述的无人机停机板上表面设置有无人机固定装置；该系统能够安放在移动平台上，为多无人机提供存储机库，能够自动化管理多无人机的放飞以及多无人机的回收，进一步的，该种无人机自动化出入库系统还能够为无人机回收和放飞过程中提供处于水平状态的停机平台，保证了即使移动平台处于倾斜状态，无人机也能够在水平的停机平台上安全起降。