本发明具体涉及一种甘油葡糖苷的杀菌方法。目前，采用微生物生产甘油葡糖苷是目前重要的生产方法之一，其中，采用藻法生产得到的甘油葡糖苷在分离纯化后依然会残留一定的色素类杂质无法去除。这种类型的甘油葡糖苷产品采用常规的高温灭菌方法处理后会出现明显的颜色加深等现状，严重影响了甘油葡糖苷的品质，影响其市场价值。本发明提供了一种适用于上述类型甘油葡糖苷的杀菌方法，包括过除菌膜、浓缩及热处理步骤，能够有效的去除产品中的微生物，同时不会明显的增加产能，不影响产品的性状和品质，具有良好的工业生产意义。