本发明公开一种被动电力工控设备指纹识别方法及系统，方法包括：提取电力工控设备的梯形图控制程序；利用梯形图控制程序将电力工控设备的逻辑电路转化为布尔逻辑矩阵；根据布尔逻辑矩阵生成寄存器DFA序列；将电力工控设备寄存器DFA序列中的特征值与从通信协议数据包流量中得到的电力工控设备寄存器状态特征值进行比对，完成电力工控设备的识别。本发明可广泛部署于变电自动化等监控系统中，对这些系统中采用的南自变电设备终端的进行定期检测识别，发现网络内的非法设备。后期可进行全面的推广应用，添加更多设备指纹，将有更加广阔的应用前景。