本发明涉及一种燃煤机组深度调峰工况下SCR脱硝投运方法，包括收集包括机组深度调峰工况下SCR入口烟气参数、深度调峰时长、机组常规运行最低负荷下SCR入口烟气参数；采集SCR催化剂测试元件，模拟机组深度调峰工况下SCR入口烟气参数条件，测试该烟气参数条件下催化剂的活性，观察催化剂活性随通烟气时间的变化情况，灵活调整机组深度调峰工况下SCR脱硝的正常投运。本发明基于SCR催化剂MOT与烟气条件密切相关、催化剂硫酸氢铵中毒后性能可恢复的特性，挖掘催化剂低负荷运行性能、调整入炉煤，在不进行设备提温改造的情况下，实现燃煤机组深度调峰工况下SCR脱硝系统正常投运，节省改造投资、减少后期设备运行维护工作量。