本公开涉及一种基板玻璃窑炉冷却系统，该冷却系统包括设置有冷却液的工作箱体和备用箱体、主管路、备用管路、多个分支管路、与多个分支管路一一对应设置的多个第一阀门和多个泵源、第一单向阀、以及控制器；分支管路的入口端与工作箱体连通，分支管路的出口端与主管路的入口端连通，主管路的出口端用于向基板玻璃窑炉的高温设备输送冷却液，第一阀门和泵源均设置于分支管路；备用管路的入口端与备用箱体连通，备用管路的出口端与主管路的入口端连通，第一阀门和泵源均与控制器电连接。该冷却系统能够对基板玻璃窑炉的高温设备进行有效冷却，提高玻璃的熔解质量，提高基板玻璃窑炉的高温设备的安全性。