本发明公开了一种检测Citrin缺乏症基因的引物、探针及其试剂盒。具体提供了一种检测Citrin缺乏症SLC25A13基因突变的多重PCR引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1～16所示，以及检测Citrin缺乏症SLC25A13基因突变的探针，其核苷酸序列如SEQ ID NO.18～39所示；并提供了一种检测Citrin缺乏症的基因芯片和检测试剂盒。本发明的检测试剂盒仅通过一次试验就能同时检测13种Citrin缺乏症SLC25A13基因类型，在同一个条件下扩增Citrin缺乏症基因，能够减少PCR仪的需求量，减少操作步骤，降低了成本。本发明的试剂盒不仅特异性好、灵敏度高，而且检测时间短、成本低、操作方便，对开展Citrin缺乏症人群的临床筛查、遗传咨询和产前诊断具有重大的意义。