本发明提供一种长根菇SSR分子标记引物组及其应用。本发明是基于长根菇全基因组序列为模板筛选获得了20对特异性强、稳定性好、多态性高的SSR标记引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1‑SEQ ID NO:40所示。所述长根菇SSR分子标记引物组能够用来鉴定长根菇菌株，将其与其他非长根菇菌株进行区分，还可以用来对长根菇菌株进行溯源检测。本发明与常规形态学检测等相比，具有操作简单、重复性好、结果稳定、准确等优点，对长根菇品种鉴定、遗传多样性分析系统发育分析或多态性分析等均具有重要的参考价值和指导意义。