本发明公开了一种金针菇金1767菌种及其SSR标记指纹图谱的鉴定方法和构建方法与应用，包括该指纹图谱由6对SSR标记组成。构建方法包括：(1)菌丝培养；(2)基因组DNA的提取；(3)SSR分子标记的检测；(4)毛细管电泳检测。应用包括：对金针菇菌种进行SSR标记扩增，将得到的带型与指纹图谱对照，与该组指纹图谱一致即为金针菇金1767菌种。本发明与常规形态学检测、拮抗试验、出菇试验相比，具有检测时间短、准确性高、可重复性好的优点，在收集的国内外105个金针菇栽培主栽菌种中具有金针菇金1767菌种的专一性。