本发明提供了基于HBV S区的高敏HBV RNA定量检测的引物探针组合物、试剂盒及其应用，所述引物探针组合物的靶基因位于乙肝病毒基因组的S区。本发明以乙肝病毒基因组的S区基因为靶点，设计特异性引物探针，基于所述引物探针构建的荧光定量PCR HBV RNA检测方法对于检测低病毒载量患者的血清HBV RNA具有灵敏准确的效果，基于该方法学实现了准确预测慢乙肝患者停药复发、肝癌发生和HBsAg转阴的效果，还可以评估和预测药物治疗效果、临床应用前景广阔。