本发明公开了一种自适应跳频频点替换方法及系统。该方法包括：根据不同业务在频段的传输速率将频段划分为第一速率段和第二速率段；将各个业务按照传输速率在第一速率段或第二速率段分配频点，得到第一频点集和第二频点集；按照误码率将总频点集划分为优质频点集和劣质频点集；在总频点集中去除劣质频点集和已被业务占用的频点，得到可替换频点集；在可替换频点集中确定替换频点。采用本发明的方法及系统，能够减少干扰对频点的影响，降低因频点替换引起的频点的不连续度，提高了频点的利用率。