本发明公开了一种防治马铃薯早疫病的微生物制剂及其应用。本发明的微生物制剂的制备原料为：复合微生物、次氯酸和清水。原料中各组分的重量份数为：复合微生物0.1～5.0份、次氯酸0.1～5.0份和清水90.0～99.8份。本发明的微生物制剂应用时，在马铃薯的现蕾期，按照每次300～600L/hm2的用量，将微生物制剂喷洒在马铃薯的叶片表面。本发明的微生物制剂用于种植马铃薯，能防治马铃薯生长过程中的早疫病，促进马铃薯的生长，提高马铃薯的产量，减少环境污染。