本发明提供一种基于EEG信号的医疗诊断辅助系统，属于医疗器械领域。该系统包括用于病人EEG信号采集、传输的EEG信号采集装置以及EEG信号处理、分析以及精神疾病预测的上位机医疗诊断辅助系统。本发明使用自制的EEG信号采集装置对病人的EEG信号进行采集、处理、传输，在上位机医疗诊断辅助系统上提取EEG信号的时域特征、频域特征以及非线性特征，基于这些特征采用训练好的随机森林模型对病人患有癫痫、精神分裂症、抑郁症、自闭症等精神疾病的概率进行预测，为医生诊断精神疾病提供明确的辅助依据。