本发明公开了一种氢燃料电池多模块并机发电系统及其控制方法，该发电系统包括多个氢燃料备用电源和总控制模块，氢燃料备用电源分别通过控制信号线和总控模块连接，多个氢燃料备用电源输出功率并联形成总功率输出。本发明所达到的有益效果：单个模块重量轻，易于搬运；系统集成度高，运行可靠性稳定；出现故障不用关机，可在线检修和模块更换；可实现低温启动；化整为零，彻底解决了10kW以上大功率空气冷却型燃料电池的热失控问题。本发明操作方便，集成性高，可满足偏远地区多种用电需求。