本发明涉及一种可防治桃褐腐病的林肯链霉菌，2020年12月17日保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏号为CGMCC No.21377，还涉及所述林肯链霉菌在防治桃褐腐病中的应用。本发明的林肯链霉菌在平板上对桃褐腐病等多种植物病原菌有很强的抑制作用，其挥发性代谢产物对桃褐腐病病原菌生长有很好的防控效果。所述菌株在病害的生物防治实践中具有潜在的商业开发和应用价值。该菌株还具有广谱拮抗活性，对柑桔溃疡病菌和烟草角斑病菌等病原细菌表现出较强的抑菌作用，也对烟草灰霉病菌、苹果腐烂病菌和烟草根黑腐病菌等病原真菌有很好的抑菌效果。