本发明公开了一种基于虚拟断路器的配电线路三段式电流保护配置方法，包括以下步骤：A：判断是否存在保护失配的断路器；B：判断保护失配的断路器的保护范围内是否存在有未安装断路器的支路；C：设置虚拟断路器；D：将该保护失配的断路器设置为不配保护状态；E：重新对待检测线路上的各个断路器进行保护定值的整定；F：继续判断是否存在保护失配的断路器；若存在则将该保护失配的断路器设置为不配保护状态，然后返回步骤E；若不存在进入步骤G；G：判断在该支路首端是否安装有故障指示器；H：该支路首端安装的故障指示器与上一级的保护失配的断路器进行联动。本发明能够避免因局部支路没有安装断路器而造成的失配现象。