本发明涉及一种生物酶复合解堵剂及其制备方法，属于油田增产改造技术领域，该解堵剂的组分以质量分数计为：生物酶0.1‑0.5％，生物类表面活性剂3‑5％，生物酶稳定剂5‑10％，其余为水；所述生物酶包括如下至少一种：木聚糖酶、脂肪酶、纤维素酶、甘露聚糖酶、蛋白质复合酶、淀粉酶、黄原胶裂解酶；所述生物类表面活性剂包括如下至少一种：生物类表面活性剂主要由鼠李糖脂、槐糖脂、N‑乙酰半乳糖胺；所述生物酶稳定剂包括如下至少一种：乙二胺四乙酸二钠、柠檬酸、三乙醇胺；本发明提供的生物酶复合解堵剂可解决低渗、中低渗储层改造残胶以及开发后期有机质(蜡质、沥青质等)堵塞造成的渗透率降低等。