本发明公开了一种融合多元信息的中短期水文预报方法及系统，其采集全流域的相关信息并提取全流域的特征信息，根据全流域的特征信息选择分布式水文模型，选择ARW模型作为大气数值模型，根据其动力框架的特征，预测未来一定时段的大气运动状态和天气现象；将建立的分布式水文模型嵌入大气数值模型的陆面模型，使大气数值模型与分布式水文模型共用相同的陆面过程机制，构建数值天气预报与分布式水文模型的双向耦合。通过消除气象预报数值模型初始误差的方法，提高气象预报精度，实现网格化定量降水估计模型的流域小尺度匹配应用，保证气象预报和水文预报模型之间的无缝衔接，提高水文预报精度。