本发明公开了一种日前电能量市场和深度调峰服务市场联合出清方法，包括：获取次日的电负荷和新能源发电预测功率数据；设定次日火电机组的技术参数并获取火电机组的报价参数；建立联合出清模型；通过计算日前电能量费用、深度调峰费用及新能源限电的惩罚费用获得联合出清模型的目标函数；设置联合出清模型的约束条件；将获取的信息和参数输入至联合出清模型中，根据约束条件计算得到电能量市场预出清的次日运行计划与新能源的限电功率，及联合再出清的次日运行计划与新能源发电功率与限电功率。本发明可基于新能源优先消纳和低价优先原则，科学合理的制定次日火电机组和风光新能源的发电计划，从而使得电力系统更加经济运行。