本发明提供一种电动汽车辅助调频调度控制方法及系统，属于电动汽车技术领域，根据电网调节的不确定以及电动汽车的初始荷电状态，计算电动汽车的期望荷电状态；根据电网调节的不确定、初始荷电状态以及期望荷电状态，确定实时AGC功率；根据电动汽车的频率调节能力，计算得到电动汽车聚合器的总频率调节能力；根据电动汽车的频率调节能力和电动汽车聚合器的总频率调节能力，确定调度控制中心分配给每个电动汽车充电站的当前时刻调节任务；根据实时AGC功率和当前时调节任务确定调度控制中心分配给每个电动汽车充电站的下一时刻AGC功率。本发明既考虑调度控制中心的调节，又考虑了电动汽车车主的期望电池SOC水平，保证电动汽车的调节同时实现预期充电。