本发明公开一种羊栖菜幼孢子体栽培的单位质量评价及差异比较方法，其特征在于，包括羊栖菜有性生殖幼孢子体的继代培育，羊栖菜有性生殖幼孢子体的不同步性生长发育特征收集，对野生型不同品系羊栖菜幼孢子体的采集、纯化养殖、有性生殖幼孢子体培育，羊栖菜幼孢子体长度的评价指标选择、鲜重和干重测量、干鲜质量比计算，建立野生型羊栖菜幼孢子体栽培的单位质量评价方法并设定差异参考品系；本发明通过羊栖菜栽培用幼孢子体的单位面积质量评价，对纯化型不同品系羊栖菜中优良品系幼孢子体质量特征的鉴别与筛选，纯化型单品系羊栖菜幼孢子体不同采苗期的单位质量差异及同年度、不同纬度地区野生型羊栖菜幼孢子体间的单位质量差异等分析提供理论基础和操作方案。