本发明公开了一种制备改性淀粉的复合工艺，步骤为：以普通淀粉或面粉为原料，在进入双螺杆挤压机前或双螺杆挤压机后，添加酸性改性剂、氧化剂、水、辅助成分或其混合物，在螺杆机内同时对淀粉进行预糊化、酸化或氧化改性，得到改性淀粉。通过物理改性和化学改性结合，生产出复合性能的改性淀粉，利用双螺杆的复合工艺，利用机械混合挤压，在高温高压下及一定水含量下在螺杆挤压机内同时对淀粉进行预糊化改性，酸性改性及氧化改性及改性分子交联一次到位，使生产出的改性淀粉具有冷水可形成粘度、无需加热，成膜性好、增加凝胶能力，热粘度降低、可制备高浓度淀粉糊等特点，满足纸板，医药，食品及建材的使用需求。