本发明公开了一种清理双输水泵站共用进水池内泥沙的方法，S1，在泵站的建设期同时建设进水池和沉积池，沉积池和进水池进水口位于进水池相对两侧，进水池和沉积池之间通过挡水墙隔开；沉积池分为泥沙沉积区、第一和第二引水过渡区；S2，进水池底板上设置导沙槽，导沙槽自进水口延伸至泥沙沉积区；S3，在第一、第二引水过渡区内分别设置第一、第二旁路引水管；S4，调节第一、第二旁路引水管的电动阀开度，在进水池和泥沙沉积区形成水位差，将进水池内的泥沙输送沉积在泥沙沉积区；S5，定期采用泥浆泵车对泥沙沉积区内的泥沙集中清理。本发明减少了双输水泵站进水池内泥沙沉积，提高双输水泵站运行效率。同时达到泥沙清理不停机，保证正常供水。