本发明提供一种结合双模型和生物等效能量的水华预测方法和装置，其中方法包括如下步骤：筛选出有效样本；定义水华的生物等效能量，获取有效样本中的叶绿素α浓度和藻密度数据，进行前后2日平均值修正和随机增长率进行增强型尖角圆滑修正，计算等效势能和等效动能，并利用水华趋势的等效势能和等效动能计算得出生物等效增长能量；采用非常数指数修正马尔萨斯模型和逻辑斯蒂阻滞增长数学模型的结合的方法，预测叶绿素α浓度和藻密度数据；根据生物等效增长能量，以及预测得到的叶绿素α浓度和藻密度数据与预测目标值的对比结果，共同评估水华趋势并进行预警；本发明结合藻类生物能量本质及其非常数指数增长数学模型能够更准确地实现水华趋势的预测。