本发明涉及一种过鱼通道目标鱼类图像分割方法和系统。该过鱼通道目标鱼类图像分割方法包括：获取待检测鱼通道中的视频图像，并获取视频图像的视频序列图像；采用图像特征分离法获取视频序列图像中每帧图像的图像像素点，并将图像像素点转换为图像RGB三通道数据；根据图像RGB三通道数据确定视频序列图像中是否存在前景像素值；当视频序列图像中存在前景像素值时，采用无模型自适应控制方法根据前景像素值提取得到静态彩色背景图像；对视频序列图像和静态彩色背景图像进行差分运算，得到运动前景目标。本发明提供的过鱼通道目标鱼类图像分割方法和系统能够在减小计算量的同时，提高过鱼通道目标鱼类图像的分割效果。