本发明公开了一种基于几何边界运算的分子动力学边界条件快速施加方法，包括：根据分子动力学仿真模型，提取其几何边界，通过几何边界运算找出边界粒子，获取边界域内每个边界粒子的位置信息；为每个边界粒子赋予合理的速度和作用力，使得边界粒子的宏观物理量与微观状态相一致，从而得到完整的分子动力学边界条件。本发明给出了在复杂分子动力学系统上快速施加边界条件的一般方案；施加了平滑过渡的速度边界条件和应力边界条件，边界粒子的速度分布和势能分布，与系统局部的微观动力学状态一致，将边界附近的状态波动限制在较低的水平，解决施加边界条件任务繁重的问题，同时极大减少边界振荡。