本发明公开了一种对熬夜后皮肤微生态有益的组合物、制备方法及应用。本发明的组合物由天然非离子乳化剂、角鲨烷、菊粉、酵母菌绿藻发酵液、益生菌红茶发酵液、β‑葡聚糖和多元醇复合而成，属于天然来源，乳化粒径小，易于渗透，温和无刺激，具有促进角质细胞增殖，降低皮脂腺细胞内脂质含量，改善熬夜后皮肤部分菌属的丰度的功效。将该组合物用于化妆品中，日常使用能够改善皮肤的水分含量、经皮水分流失量、皮脂分泌量等生理参数，使熬夜后皮肤微生态和皮肤状态得到明显改善。