本发明提供了一种调控棉花雄性生殖发育的GhFLA19‑D蛋白及其编码基因与应用，涉及植物基因工程技术领域。本发明提供的调控棉花雄性生殖发育的GhFLA19‑D蛋白具有如SEQ ID No:1所示的氨基酸序列。所述GhFLA19‑D蛋白是一种类成束阿拉伯半乳聚糖蛋白，本发明实验发现GhFLA19‑D基因在花药中特异性表达，通过CRISPR/Cas9对该基因进行敲除，发现被完全编辑的转基因植株表现为完全的雄性不育，表现为花药干瘪、不开裂和花粉无活力等特点，其可用于培育棉花雄性不育系。