本发明公开了一种浮坞泵站取水坑施工方法，第一步骤是实验；第一步骤包括构建模拟施工条件子步骤、获取高压喷头的喷射压力在水中的衰减数据子步骤、获取变频高压泵的运行频率与高压水箱内水压的映射关系数据子步骤和获取河床表面位置水压与最大冲坑深度的映射关系数据子步骤；第二步骤是河道冲坑；将浮坞泵移动至预定河道，超声波距离传感器测量河床与高压喷头的距离；电控装置根据设计冲坑深度，通过第一步骤中获得的各项数据相应控制变频高压泵，实际冲坑深度达到设计深度时完成取水坑施工。本发明避开了围堰施工，适合施工取水坑，便于维持取水坑深度，便于更换取水点，施工效率高，施工成本较低，对环境无污染。