本发明公开了一种继电保护调试系统，包括人机交互模块，SCD解析模块、通讯锁定模块、配置校核模块、用于接入保护MMS网口的第1信号接口模块、用于接入保护调试网口第2信号接口模块、以及用于采集装置身份识别码的第3信号接口模块。人机交互模块用于建立用户信息、导入SCD、配置保护调试网口的通讯参数等。SCD解析模块用于获取保护装置MMS通讯IP、装置身份识别码、校验码。通讯锁定模块用于校核装置身份识别码与采集到的装置身份识别码的一致性。配置校核模块，用于校核通讯锁定模块中配置文件的校验码与SCD文件的一致性。本发明适用于智能变电站继电保护调试技术领域，可避免下错配置、连错装置，从而提高现场作业效率，降低变电站运维风险。