本申请涉及一种超深淤泥质土层三轴搅拌桩加固施工方法，其包括以下步骤：S1、清除地下障碍物、场地平整；S2、测量放线、桩位确定；S3、开挖沟槽、桩位复核；S4、桩机就位、调平校直；S5、泥浆拌制；S6、搅拌、喷浆、下沉与提升；S7、弃土处理；S8、清洗管路及搅拌头；所述S6步骤中，首先根据前期地质勘探结果进行分析，使用三轴搅拌桩机进行螺旋钻孔，当三轴搅拌桩机的搅拌头进入淤泥质地层时，加大三轴搅拌桩机的搅拌头的转速。本申请具有提高加固质量，使得三轴搅拌桩在深层软土中的施工质量较好的效果。