本发明提供了一种可变气门正时系统的自学习控制方法、系统及车辆，属于车辆领域。该自学习控制方法包括：控制增程器发动机的转速和负载以预设斜率增长，以使得增程器满足自学习激活条件的时间达到可变气门正时系统的自学习要求时间；在增程器发动机满足自学习激活条件时，控制可变气门正时系统进行自学习；判断可变气门正时系统的自学习是否完成；在自学习完成后根据可变气门正时系统的自学习值修正可变气门正时系统的参考基点位置。本发明还提供了与自学习控制方法对应的自学习控制系统以及包括自学习控制系统的车辆。本发明的本发明的自学习控制方法、系统及车辆能够保证增程器自学习成功，进而保证增程器发动机正常运行。