本发明涉及一种天然水域鱼类资源量计测方法，包括通过在天然水域高频次的现场多样点取样，建立测量的鱼类生物学指数据库；然后对特定目标鱼类的年度资源量估算采用联合国粮农组织推出的专业渔业评估软件FiSAT II中的实际种群模块VPA进行计算，最后采用水声学探测结论结合鱼类资源调查采样中单个物种数量总体占比，可计算单个物种资源量。可以进一步验证估算的精确性及可靠性，为天然水域鱼类资源量计测提供高效可靠的路径，使计测结果更接近于天然水域鱼类实际资源量的存活情况。