本发明公开了一种光伏电站组件缺陷巡检系统及其缺陷处理方法，包括图像采集模块和数据处理平台，所述图像采集模块用于对光伏站区域均匀布设的控制点进行巡检航拍并获取航测影像，并将航测影像送入数据处理平台，所述数据管理平台用于分析处理所述航测影像，对每一块光伏板阵列进行缺陷检测，获取每块光伏板阵列缺陷位置并输出含有GPS信息的用户报告，并公开了缺陷处理方法，对光伏站区域进行巡检航拍并获取航测影像，对航测影像进行处理并生成带GPS信息的全局电子地图，生成光伏阵列图的缺陷位置数据，并输出含有GPS信息的用户报告。本发明能对影像图像分别进行双光影像处理，获取光伏组件缺陷故障的位置，大大提高了工作效率和巡检工作的质量。