本发明提供了一种基于同质结摩尔纹尺寸预测界面摩擦系数的方法，该方法采用建模软件构建公度接触的二维双层同质结模型，进行不同角度的扭转，提取出所形成的摩尔纹结构单胞，将其转换为分子动力学模拟软件可识别的模型；选取能反映二维双层同质结所有原子之间相互作用力的势函数；设定模拟系综、边界条件及分子动力学模拟参数；在设定模拟系综和边界条件下对所有提取的单胞分别进行结构优化，使结构达到能量最低点；通过分子动力学模拟，计算并输出不同摩尔超晶胞层间滑动的摩擦系数，拟合得到同质结摩尔纹尺寸与层间摩擦系数的数值关系。