本发明的一种适应5G通信网络的配电网分布式差动保护方法及系统，包括首先，获取双侧配电站电流检测数据；其次，根据微分预测，限制电流采样值的波动范围，进而优化异常数据的幅值；再次，在获取对侧三相电流后，可根据采样时刻对本地三相电流与对侧三相电流进行插值同步；然后，根据本侧和对侧同一时刻对应的相同窗口长度内的同名相电流进行修正余弦系数计算；最后，根据通信数据丢包率、采样通道误差及采样时刻偏差获取修正余弦系数与整定值的大小关系，来判断配电线路是否发生故障，并启动相应的保护措施。该方法可以为不同容量等级的配电线路提供分布式差动保护，在处理基于无线通信网络的线路保护类问题时更有优势，能够满足工程需要。