本发明公开一种传动轴加工定位结构及其工作方法，包括定位底座，定位底座上设置有侧移座，侧移座上设置有旋转座，旋转座上安装有调节架，调节架上设置有调节座，调节座上安装有安装座，安装座上转动设置有旋转轴，旋转轴上安装有旋转架，旋转架上安装有连接座，连接座上设置有轴座，轴座上设置有套筒。本发明可以根据不同的使用需求，自动调节传动轴在套筒上的位置，自动化程度高，无需人工进行调节，通过侧移电机和第一丝杠的设置，满足侧移座在定位底座上的水平移动，进而可以满足传动轴在加工工位之间的水平移动，常规对传动轴的加工工位都设置在定位底座一侧，通过调节电机和第二丝杠的设置，可以满足传动轴与加工工位距离的调节。