本发明提供了一种基于自结晶流化床的脱硫废水零排放系统及方法，包括曝气调质池，脱硫废水输出至所述曝气调质池；石膏反应流化床，所述曝气调质池通过提升泵与所述石膏反应流化床连接；除镁反应流化床，所述石膏反应流化床输出至所述除镁反应流化床；除硫反应流化床，所述除镁反应流化床输出至所述除硫反应流化床；除氯反应流化床，所述除硫反应流化床输出至所述除氯反应流化床；以及石灰溶解计量加药装置。本发明的一种基于自结晶流化床的脱硫废水零排放系统及方法，实现了脱硫废水的净化，所述零排放系统结构简单，易于实现自动化，避免了传统方法烟道积盐灰、机组运行不稳定、处理量受限等技术问题，同时因为处理后的水达到了循环使用的标准，因此极大减小了环境问题及脱硫过程生产成本。