本发明提供了一种基于自结晶流化床的脱硫废水净化系统及净化方法，包括：管道混合器，脱硫废水输出至含有硫酸钙晶体循环液的所述管道混合器内，所述管道混合器与凝聚剂加药装置以及反应流化床连接；所述反应流化床，还与循环泵以及脱硫塔石膏浆液箱连接。本发明的一种基于自结晶流化床的脱硫废水净化系统及净化方法，脱硫废水在管道混合器内与含有硫酸钙晶体的循环液混合后输出至反应流化床内，后在反应流化床内与聚凝剂、石灰乳混合，通过多次循环硫酸钙晶体不断的长大下沉并输出至脱硫塔石膏浆液箱内，实现了脱硫废水的净化，处理效率高，效果好，可有效解决高盐废水高浓度硫酸根部分去除时结垢问题。