本发明提供了一种与大豆蛋白含量显著关联的单核苷酸突变位点SNP、KASP标记及其应用，属于植物分子育种领域。本发明与大豆蛋白含量显著关联的SNP S14_73926位于大豆基因组v2.0的14号染色体73,926bp位置，发生了碱基G至A的替换，表型变异解释率达到6.4％，并对该SNP位点开发了KASP标记，本发明提供的大豆蛋白含量显著关联的SNP及KASP标记可用于大豆蛋白性状的分子标记辅助选择育种，对于加快大豆高蛋白育种的遗传改良进程，提高育种选择效率具有重要的理论和实践指导意义。