本发明提供了一种自动切换管路的三通阀结构及水源热泵系统。该三通阀结构包括：三通阀本体和加长阀板；加长阀板能够在第一位置和第二位置之间切换；当加长阀板处于第一位置时，第一通道仅与第二通道连通；当加长阀板处于第二位置时，第一通道仅与第三通道连通；并且，当加长阀板处于第一位置时，加长阀板的另一端伸出第三通道并沿第一通道的方向延伸，第一通道在加长阀板的搭接连接处的前端构造有沟槽。该水源热泵系统包括以上的三通阀结构。本发明通过沟槽改变水流的方向，从而利用水流压力推动加长阀板在第一位置和第二位置之间切换，进而实现自动切换管路，无需人为操作和任何电气装置，省时省力，提高了生产效率。